Als Privatschule finanziert sich die Freie Evangelische Schule Heidenheim durch staatliche Zuschüsse nach dem Privatschulgesetz, durch das Schulgeld, durch Spenden und durch freiwillige und ehrenamtliche Arbeiten der Eltern, der Lehrer und des Freundeskreises der Freien Evangelischen Schule Heidenheim. 

Damit das Schulgeld auch für Familien mit mehreren Kindern tragbar bleibt, unterstützt ein Kreis von Freunden und Förderern die Arbeit der Schule. Solche Spenden wie auch das Schulgeld sind in einer bestimmten Höhe steuerlich abzugsfähig. 

Das Schulgeld beträgt ab dem Schuljahr 2021/22 pro Familie beim Besuch der Schule durch: 

Die Anmeldegebühr beträgt für Gymnasium und Realschule 100,- €.